L'Edito 

Avec son nouveau format, la newsletter du Canceropôle PACA évolue dans son contenu en choisissant de mettre plus encore l’accent sur les avancées des équipes, en termes de résultats, d’acquisitions d’équipements, de nouveaux partenariats, etc…

Au sommaire :
« Du côté des équipes » : Vers un nouvel anticorps thérapeutique issu d’un partenariat publique/privé et une avancée dans le domaine des facteurs de risque environnementaux.
« Du côté des équipements » un zoom sur  les séquenceurs très haut débit et sur une nouvelle caméra pour l’imagerie petit animal.

Bien entendu l’animation scientifique reste au cœur de la valorisation des équipes et des programmes de recherche, et participe de la dynamique de rayonnement et d’ouverture de la recherche régionale en Cancérologie.

A la veille de l’annonce d’un second Plan Cancer porteur de nouvelles priorités scientifiques et sociétales, la mise en relief des démarches engagées et des progrès accomplis est plus que jamais essentielle pour conforter et renforcer les liens au sein de la communauté scientifique, et avec l’ensemble des partenaires et publics concernés.

Bonne lecture à tous !

Du côté des équipes...

Vers une nouvelle immunothérapie pour les cancers du pancréas

Dominique LOMBARDO, Eric MAS et leurs collaborateurs du Centre de Recherche en  Oncologie Biologique et Oncopharmacologie (CRO2, unité INSERM UMR 911) ont mis en évidence une protéine FAPP/BSDL exprimée de manière élevée et spécifique à la surface des cellules pancréatiques cancéreuses. Un anticorps monoclonal, le mAb16D10, a été développé contre cette protéine et breveté.

A la suite d’un accord de licence avec l’Université de la Méditerranée (Marseille, France) et l’INSERM (Paris, France), la Société Innate Pharma a développé sur la base du mAb16D10 un anticorps monoclonal IPH 4201 qui reconnait FAPP/BSDL avec une forte spécificité. Cet anticorps induit l’apoptose des cellules exprimant l’antigène et médit la réaction de lyse dépendante de l’anticorps (« Antibody Dependant Cell Cytotoxicity »), une cytotoxicité qui fait appel aux cellules de l’immunité innée, et notamment aux cellules NK.

IPH 4201 est en cours de validation pré-clinique chez Innate Pharma et les prochaines étapes de son développement incluront en particulier le développement d’un procédé de production de IPH 4201 à une échelle industrielle pour pouvoir envisager les études cliniques.

Contacts : Dominique Lombardo et Eric Mas 04 91 32 44 00  dominique.lombardo@univmed.fr - eric.mas@univmed.fr

Facteurs environnementaux et cancer

L’équipe de Bertrand NADEL et Sandrine ROULLAND au CIML, travaillent depuis de nombreuses années sur les bases moléculaires des lymphomes.
Leur expertise les a conduits à s’intéresser, en collaboration avec l’équipe d'épidémiologistes dirigée par P Gauduchon et P Lebailly (centre F Baclesse, Caen), aux causes de la fréquence particulièrement élevée de lymphomes non-Hodgkiniens (LNH) chez les agriculteurs exposés aux pesticides.
Dans un article du Journal of Experimental Medecine du 8 Juin 2009, ils mettent en évidence, dans un groupe d’agriculteurs exposés, des taux particulièrement élevés de cellules portant un ensemble d’anomalies chromosomiques typiques du lymphome folliculaire, un des lymphomes les plus fréquents de l’adulte. Les résultats publiés suggèrent que certaines de ces cellules pourraient constituer des précurseurs tumoraux et une première étape vers la cancérisation. Ces résultats apportent des clés essentielles non seulement pour l’identification de biomarqueurs permettant le dépistage et le suivi de populations considérées aujourd’hui comme « à risque », mais également pour le développement d’approches thérapeutiques précoces, avec à terme de larges retombées en Santé Publique.

Agricultural pesticide exposure and the molecular connection to lymphomagenesis
Julie Agopian1, Jean-Marc Navarro1, Anne-Claire Gac2, Yannick Lecluse2, Mélanie Briand2, Pierre Grenot1, Pascal Gauduchon2, Philippe Ruminy3, Pierre Lebailly2, Bertrand Nadel1, and Sandrine Roulland1
Published online June 8, 2009, J Exp Med http://jem.rupress.org/cgi/content/abstract/jem.20082842v1

Contacts chercheurs : Bertrand NADEL et Sandrine ROULLAND roulland@ciml.univ.mrs.fr- nadel@ciml.univ-mrs.fr

 Du côté des équipements...

Nice et Marseille s’équipent de séquenceurs à très haut débit

Les progrès considérables opérés durant les dernières années dans le domaine du séquençage des acides nucléiques ont conduit à la commercialisation de nouveaux modèles de séquenceurs, qui sont aujourd’hui capables de lire plusieurs gigabases (109 bases) par expérience. Ces progrès vont permettre des avancées importantes en génomique, tant dans la cartographie des gènes, que dans l’étude des variations génétiques entre individus, ou dans la caractérisation de nouveaux génomes.

L’explosion de la quantité des données qui seront générées par chaque machine (plusieurs Térabases de données par machine et par an) représente un véritable défi tant en terme d’informatique (puissance de calcul, capacité de stockage), que bio-informatique (mise en place et validation des différents pipelines d’analyse). Ces développements concerneront aussi bien l’analyse des profils d’expression d’ARNs messagers ou non codants (micro ARN, sno ARN, pi ARN, …), l’analyse des marques épigénétiques, l’identification des séquences de régulation de l’expression génique, l’analyse des messagers alternatifs d’un locus donné dans une variété de contextes, …

Les deux plates-formes transcriptome de Nice et de Marseille ont choisi de s’orienter vers ces nouvelles approches qui devraient rapidement se substituer, à moindre coût, à la plupart des analyses effectuées actuellement avec des puces à ADN. Dans un souci de cohérence, les deux plates-formes ont choisi de s’équiper de séquenceur SOLiD3, de la société Applied.  

A Nice…..

La Plate-forme de génomique fonctionnelle de Nice Sophia Antipolis, certifiée ISO2001 v2000 depuis 2006, est rattachée au CNRS et à l’Université de Nice Sophia Antipolis. Elle met en place depuis l'automne 2008 l’ensemble des technologies nécessaires pour la réalisation du séquençage à haut débit d’échantillons d’ADN ou d’ARN, sur la machine SOLiD acquise grâce à des financements de l’ANR et de la région PACA.
En étroite association avec la Société Applied, la plate-forme valide et fait évoluer les protocoles du domaine. En collaboration avec des informaticiens de l’INRIA (Sophia Antipolis), elle met en place une infrastructure et des logiciels qui permettront l’analyse, le stockage et la valorisation des données issues du séquençage.
Les première applications qui ont été visées par la plate-forme concernent le profilage des micro ARN et des ARNm, dans le contexte de projets recherche clinique (tumeurs de la thyroïde, cancers du poumon, LLC, …), et de recherche fondamentale (sénescence, différentiation de l’épithélium respiratoire, hypoxie, …). Dans le contexte d’un de ces projets, la plate-forme met actuellement en place un pipeline d’analyse des marques épigénétiques. Ces développements sont réalisés par des chercheurs CNRS et INSERM, une post-doctorante financée par l’Association de Recherche sur le Cancer, et par des ITA CNRS.

Contact : Pascal Barbry, Directeur de l’IPMC, Responsable de l’Equipe Physiologie Génomique des Eucaryotes  barbry@ipmc.cnrs.fr

A Marseille...

Le système de séquençage SOLiDTM 3 a été livré fin avril 2009 au sein de la plate-forme Hotel Express du TAGC (Inserm U938) du Campus Marseille-Luminy.

25 équipes de recherches se sont associées à cette création, dont les projets de recherche collaboratifs sont très largement multidisciplinaires (biologie humaine et animale, microbiologie, génétique, génomique, immunologie, cancérologie, recherche biomédicale, bioinformatique, informatique, statistiques, etc.).

Cet investissement a été possible grâce aux financements obtenus dans le cadre de la labellisation IBiSA et de plusieurs financement complémentaires (BQR U2 2009-2010, ANR ADHRES, Cancéropôle/Région PACA). De plus suite à l'avis positif du comité de pilotage du GIS IBiSA, l'Inserm a attribué un poste d'ingénieur de recherche (IR) en bioinformatique pour cette nouvelle activité de la plate-forme Hotel Express.

Contacts : Catherine Nguyen, Directeur du TAGC : nguyen@tagc.univ-mrs.fr
Jean Imbert, responsable de la plateforme de séquençage : jean.imbert@inserm.fr

Une camera micro-spect à Nice

Le laboratoire TIRO (CEA/UNS/CAL) à la Faculté de médecine de Nice vient de s’équiper d’une CAMERA MICRO-SPECT (Single Photon Emission Computed Tomography) possédant des technologies innovantes comme des détecteurs à semi-conducteur CZT et un scanner X de haute résolution à détecteur plan. 
Dans la recherche de nouvelles stratégies anti-tumorales, cette caméra permettra notamment de suivre des cellules cancéreuses de manière non invasive sur des modèles très proches des cas cliniques. Elle sera également mise à profit pour mieux comprendre la transformation tumorale ou l’implantation de métastases.  Elle servira enfin à effectuer des développements plus technologiques en traitement de l’image (Axe VI du Cancéropôle PACA).

Images de fusion SPECT-CT (coupes transverse, coronale (frontale) et sagittale) d'un foie poly-métastatique de souris observé 45 jours après transplantation de cellules de cancer du colon humain (lignée HT29 exprimant mNIS).  L’estomac (E) est localisé par les lignes pointillées blanches sur la coupe coronale. Une accumulation physiologique du radiotraceur (99mTCO4) est observée au niveau de l’estomac. Seules les cellules tumorales sont à l’origine du signal dans le foie.

Cette caméra a été financée dans le cadre d’un CPER avec l’INRIA et d’un partenariat avec la société GE Healthcare. Le Cancéropôle et la Région PACA ont contribué à son installation.

Contacts: Thierry Pourcher: thierry.pourcher@unice.fr et
Philippe Franken : philippe.franken@unice.fr

  FOCUS 

International Conference On the occasion of Pierre Golstein's 40 years of research 19 et 20 juin 2009 au Centre d'Immunologie Marseille-Luminy
"Lethal and other hits- Cytotoxicity and cell death",

Le Symposium "Lethal and other hits- Cytotoxicity and cell death", organisé par Giovanna Chimini et Anne-Marie Schmitt-Verhulst, en l'honneur de Pierre Golstein, a connu, vendredi et samedi, un réel succès avec près de 150 participants, venus assister à cette réunion exceptionnelle.

Pour célébrer les 40 ans de recherche de Pierre Golstein, le CIML avait invité dix scientifiques de renommée internationale dans les domaines de la mort cellulaire et des mécanismes de la cytolyse, recherches auxquelles Pierre Golstein a contribué de façon significative.

Directeur de recherche émérite à l'INSERM, ancien Directeur du CIML, le docteur Pierre Golstein a reçu le Grand Prix 2008 de la Fondation pour la Recherche Médicale pour sa contribution majeure au progrès de la connaissance scientifique dans le domaine médical.

Pierre Golstein a tout d’abord travaillé sur les mécanismes de cytotoxicité des lymphocytes T et a identifié des voies et des molécules clés de ces processus. Il a ainsi contribué au clonage du ligand de Fas et de granzymes, qui peuvent induire la destruction de la cellule cible. Il s’est par la suite intéressé aux mécanismes de mort cellulaire programmée, avec pour modèle, les cellules interdigitales de l’embryon de souris. Il a alors montré que deux processus peuvent intervenir au cours du développement : l’apoptose et la nécrose.

Il s’est ensuite tourné vers un autre modèle, le protiste Dictyostelium discoideum, et a caractérisé dans cet organisme un autre processus de mort cellulaire : la mort autophagique vacuolaire. Plusieurs molécules découvertes par Pierre GOLSTEIN font aujourd’hui l'objet de recherches thérapeutiques. Citons par exemple CTLA-4, envisagée comme cible thérapeutique dans les cancers, ou CTLA-8 (= IL17) qui peut faire l'objet d'une approche thérapeutique prometteuse dans la polyarthrite rhumatoïde.

Depuis quelques années, les recherches sur les mécanismes fondamentaux de la mort cellulaire sont devenues un enjeu capital dans la voie des stratégies thérapeutiques innovantes pour le traitement du cancer, c’est pourquoi cette réunion qui faisait le point sur les avancées actuelles, représentait un évènement important sur le plan scientifique et une source de connaissances majeure dans le domaine.

Ce symposium a été l'occasion de rappeler, s'il en était besoin, l’excellence des équipes de chercheurs à Marseille et de ses instituts, tels que le Centre d'Immunologie de Marseille Luminy, partenaire incontournable des programmes phares du Canceropôle PACA !

 L'Evènement

Les rencontres du Canceropôle PACA Avancées du diagnostic moléculaire des SARCOMES :- vendredi 26 juin 2009  - La Ciotat Théâtre du Golfe -
"De la recherche translationnelle à la prise en charge clinique"

Les sarcomes sont des tumeurs rares (1% des cancers) mais qui affectent aussi bien l’adulte que l’enfant avec une mortalité et morbidité  importantes. La mise en évidence d’altérations moléculaires récurrentes dans de nombreux sarcomes des tissus mous et les sarcomes d’Ewing ont permis une plus grande fiabilité diagnostique, la génétique moléculaire devenant un partenaire indispensable du diagnostic morphologique.

En revanche la recherche de marqueurs prédictifs fiables de chimiorésistance dans les sarcomes osseux demeure un challenge. De même seule la mise en évidence des marqueurs moléculaires clés de l’oncogénèse des sarcomes des tissus mous permettra des avancées significatives dans la prise en charge de ces tumeurs peu sensibles à la chimiothérapie conventionnelle, comme ce fut le cas pour les GIST.

La Rencontre pluridisciplinaire organisée par le Canceropôle PACA a pour objectif de réunir des spécialistes de la recherche clinique et fondamentale sur les Sarcomes afin d’échanger sur les principales avancées et questionnements relatifs à la compréhension et à la prise en charge diagnostique et thérapeutique de ces pathologies.

Cette réunion scientifique sera suivie à 18 heures d’une conférence Grand Public  sur le thème : Le Cancer : des maux pour le dire, des mots pour mieux vivre …  Eric DUDOIT (Psycho-oncologue AP-HM, Marseille) et Estelle LECOINTE (Présidente des Associations « Ensemble contre le GIST » et Sarcomes) et d’un concert gratuit de Fabienne Desambrois, soprano, à 20 heures 30.

 L'Equipe de la Newsletter 

Directeur de publication : Jean-Paul Borg

Coordination : Véronique Atger

Rédaction/Réalisation : Isabelle Rey-Correard

Contact : isabelle.rey-correard@univmed.fr